1、農(nóng)業(yè)物流的相關(guān)理論研究嚴重滯后
由于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的地域性，以及生產(chǎn)的季節(jié)性與常年性消費需求之間的對立，造成了中國農(nóng)產(chǎn)品供需的時空矛盾，解決這個矛盾的基本途徑就是發(fā)展中國現(xiàn)代農(nóng)業(yè)物流。農(nóng)產(chǎn)品物流只有做到農(nóng)產(chǎn)品保值，才能實現(xiàn)農(nóng)產(chǎn)品的價值與使用價值，進而才可能使農(nóng)產(chǎn)品在物流過程中增值。
在中國的農(nóng)業(yè)發(fā)展過程中，“重生產(chǎn)、輕流通”思想意識的影響廣泛，而對農(nóng)業(yè)生產(chǎn)資料、農(nóng)產(chǎn)品流通和物流配送等相關(guān)產(chǎn)業(yè)的協(xié)同發(fā)展作用認識不足，更沒有形成農(nóng)業(yè)物流完整的行業(yè)體系框架。農(nóng)業(yè)物流作為農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)發(fā)展的重要組成部分，對農(nóng)業(yè)物流理論探討的嚴重匱乏。降低農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)與流通的成本，引導農(nóng)業(yè)生產(chǎn)資料的生產(chǎn)與配置，提高中國農(nóng)業(yè)的整體產(chǎn)業(yè)效益，需要有現(xiàn)代農(nóng)業(yè)物流理論指導。中國農(nóng)業(yè)流通和物流的相關(guān)理論研究，在中國農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化發(fā)展過程中地位，沒有受到應有的重視。
2、農(nóng)業(yè)物流的基礎(chǔ)投入不足
一直以來，我們在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)環(huán)節(jié)的增產(chǎn)上全力以赴，但物流保鮮技術(shù)、物流加工和冷鏈建設(shè)等后續(xù)物流環(huán)節(jié)的基礎(chǔ)投入明顯不足。對比中美兩國的農(nóng)業(yè)投資結(jié)構(gòu)：
由此可見，中國薄弱的農(nóng)業(yè)物流現(xiàn)狀和過去數(shù)量型農(nóng)業(yè)生產(chǎn)投資結(jié)構(gòu)密切相關(guān)，農(nóng)業(yè)物流在基礎(chǔ)投入方面的長期欠帳使得高額物流損耗一時難以根本扭轉(zhuǎn)。以果蔬產(chǎn)品為例，據(jù)有關(guān)數(shù)據(jù)統(tǒng)計，我國每年越有8000萬噸果蔬腐爛，損失總值近 800億元。損失率為25%～30%，可以滿足2億人口的基本營養(yǎng)需求。這與發(fā)達國家5%以下的果蔬損失率相比，差距很大。
另一方面，2003年投資高速增長帶動了裝備工業(yè)的快速發(fā)展，其中農(nóng)副產(chǎn)品加工專用設(shè)備制造利潤增長2倍。從2003年1-11月份經(jīng)濟運行情況來看，農(nóng)副產(chǎn)品加工業(yè)實現(xiàn)利潤134.9億元，同比增長37.1%；食品制造業(yè)實現(xiàn)利潤96.6億元，同比增長37.7%，其中，液體乳及乳制品制造業(yè)利潤增長52%。從分行業(yè)固定資產(chǎn)投資情況分析，農(nóng)副食品加工業(yè)固定資產(chǎn)投資形勢良好，農(nóng)副食品加工業(yè)完成固定資產(chǎn)投資占全國食品工業(yè)固定資產(chǎn)投資比重39.30%，行業(yè)新增固定資產(chǎn)占全國食品行業(yè)比重38.34%，固定資產(chǎn)投資項目數(shù)量和規(guī)模在食品各中類行業(yè)中比重最大，反映出國家宏觀調(diào)控政策的成效，加大了農(nóng)產(chǎn)品轉(zhuǎn)化力度。
3、農(nóng)業(yè)物流信息體系不健全
農(nóng)業(yè)物流流體的流向和流程，以及由此而產(chǎn)生的效率和效益是與農(nóng)業(yè)物流的信息體系密切相關(guān)。農(nóng)業(yè)物流信息體系既包括農(nóng)業(yè)市場信息，也包括農(nóng)業(yè)物流的資源信息，而現(xiàn)在農(nóng)業(yè)信息系統(tǒng)和農(nóng)業(yè)物流信息體統(tǒng)所能提供信息品種和質(zhì)量都不能滿足需要，缺乏有效的信息導向，農(nóng)資和農(nóng)產(chǎn)品物流的流向帶有盲目性，流程不合理，這是導致在途損失嚴重，影響流體保值增值的重要原因。
2003年菜價上漲，誰能告訴農(nóng)民明年種什么？明年蔬菜種植面積會不會大幅度增加，從而引起菜價再次下跌？長期以來，農(nóng)民對市場供求信息的獲取渠道單一，手段缺乏，滯后失真現(xiàn)象嚴重，趕不上市場變化，要改變這種狀況迫切需要建立完善的信息采集、加工整理和發(fā)布體系。
4、農(nóng)業(yè)物流成本偏高
目前中國的農(nóng)業(yè)物流成本比較高，而且不穩(wěn)定，其中有物流利潤和運輸成本因素，但更多的是物流環(huán)境的影響，由于路況不良的時間成本，交通秩序中不當現(xiàn)象無形中增加的物流成本（例如設(shè)卡收費等）。隨著物流業(yè)的發(fā)展，基礎(chǔ)農(nóng)業(yè)物流利潤下降，而在途損耗和不合理物流環(huán)境成本顯得十分突出。
多數(shù)長途販運的農(nóng)產(chǎn)品是以初級形態(tài)為主，農(nóng)產(chǎn)品物流結(jié)構(gòu)中，低附加值產(chǎn)品居多，以農(nóng)產(chǎn)品的主要物流形式公路運輸為例，對于農(nóng)產(chǎn)品和工業(yè)品的收費標準相同，但兩者價值和利潤卻相差懸殊，這就是業(yè)內(nèi)呼吁建立農(nóng)產(chǎn)品物流 “綠色通道”的原因所在。500毫升蒙牛奶的超市售價2.8元/包，其中運費要占10%，更不要說低值低毛利的初級農(nóng)產(chǎn)品了。