1、功能：
加工區(qū)的功能單一，僅限于產(chǎn)品外銷的加工業(yè)務。但區(qū)內(nèi)可設立少量為加工企業(yè)生產(chǎn)提供服務的倉儲企業(yè)以及經(jīng)海關(guān)核準專門從事區(qū)內(nèi)貨物進、出的運輸企業(yè)；保稅區(qū)的功能為：加工、貿(mào)易、倉儲及展覽。
2、退稅政策：
國內(nèi)原料、物料等進入加工區(qū)視同出口，海關(guān)按照對出口貨物的有關(guān)規(guī)定車理報關(guān)手續(xù)，并在貨物辦理入?yún)^(qū)報關(guān)環(huán)節(jié)簽發(fā)出口退稅報關(guān)單，區(qū)外企業(yè)憑報關(guān)單出口退稅聯(lián)及有關(guān)憑證向稅務部門辦理出口退（免）稅手續(xù)；
進入保稅區(qū)的國內(nèi)貨物，必須等貨物實際離境后，才能辦理出口退稅手續(xù)；
3、成品內(nèi)銷政策：
加工區(qū)銷往境內(nèi)區(qū)外的貨物，海關(guān)按照對進口貨物的有關(guān)規(guī)定辦理報關(guān)手續(xù)，并按制成品征稅。
保稅區(qū)內(nèi)銷的貨物，海關(guān)根據(jù)貨物的實際情況，作分別處理。只有當內(nèi)銷成品完全由進口料件組成時，才按成品征稅。
4、國內(nèi)稅收政策上：
國家對區(qū)內(nèi)加工出口的產(chǎn)品和應稅勞務免征增值稅、消費稅。
保稅區(qū)內(nèi)國家對應稅勞務沒有免稅優(yōu)惠。