客戶對象
自理報關是從事處理企業(yè)本身的報關業(yè)務的，因而報關業(yè)務的客戶(服務對象)固定，報關員只從事本身企業(yè)的報關業(yè)務。而報關行報關員則是面對廣大有報關需求的企業(yè)，服務客戶面廣。
業(yè)務范圍
自理報關業(yè)務只從事與本企業(yè)有關的報關業(yè)務，企業(yè)的業(yè)務范圍決定了企業(yè)報關員的報關業(yè)務范圍。受企業(yè)的業(yè)務限制，從事企業(yè)報關的報關員一般只需懂得有關本企業(yè)的報關業(yè)務就可以了。而報關行報關員由于面對的是所有企業(yè)的報關業(yè)務，因此，報關的業(yè)務各種各樣，有機會接觸較全面的報關業(yè)務。
收入來源
自理報關的企業(yè)報關員一般拿企業(yè)的工資，多屬于固定工資方式，某時期業(yè)務量的多與少與工資沒有聯(lián)系。而報關行報關員一般是按報關量的提成計算工資的，薪水與報關業(yè)務量直接關系。